Το τοπωνύμιο Ζαγορά έχει πιθανότητα σλαβική προέλευση και σημαίνει τον τόπο που είναι πίσω από το βουνό. Για αυτό και παλαιότερα όλα τα πίσω χωριά του Πηλίου τα έλεγαν «χωριά της Ζαγοράς», ενώ και το ίδιο το Πήλιο ήταν κάποτε γνωστό και ως «βουνό της Ζαγοράς». Κι όσο για την ίδια τη Ζαγορά, αυτή ήταν παλιότερα γνωστή ως Σωτήρα, από την ομώνυμη μεταβυζαντινή μονή της Μεταμορφώσεως του Σωτήρος, στη θέση της οποίας βρίσκεται σήμερα ο ομώνυμος ενοριακός ναός της επίσης ομώνυμης συνοικίας.